似たような案件で・・・
レコード複製の際、プラグインでフィールドの初期化をかけていましたが
アプリの更新でフィールドコードを変更したら、プラグインの設定から外れる事象が発生しました。

（プラグインで初期化設定したフィールドが初期化されなくなった…
プラグインの再設定で対応）

完了のチェック等、複製したくないフィールドが今後増える可能性もあるので
アプリによっては皆様が言うように、アクションボタンの活用を推奨します

koukenさん

「再利用」と「編集」について、以前キンコミでディスカッションありましたので参考までにリンク紹介します。
https://kincom.cybozu.co.jp/chats/fcjtmnxejlbznjsq

今回ですと「アプリアクション」の利用がよさそうですね。

私も「再利用」が便利すぎて、「編集」してしまう民の一人です。そんな時、確認手段として「変更履歴」を見てます。再利用ならレコード作った時のものしか履歴に出ないはずなので再発防止策として周知してみてはいかがでしょうか？

kintone使い始めの時は編集ボタン、レコード再利用ボタンが隣り合わせになっている為に間違えてしまう事って割とあるので、きったんさんのご指摘通りの状況かもしれないですね。

その様な事が発生した場合、私はまずレコードの変更履歴を見て対象レコードが作成されたばかりか、それとも内容が編集された履歴があるかを確認します（変更履歴がある＝間違えて編集ボタンをクリックしていた）。
↓レコードの変更履歴を確認する↓
https://help.cybozu.cn/k/ja/id/040461.html#history_whatshistory_10

押し間違い問題って結構あるので、私はレコード再利用機能を無効にして代わりにアプリアクションを使う事が多いです。便利なので必要に応じて使ってみてください。
↓同じアプリ内でレコードを再利用するためのアクションを作成する↓
https://help.cybozu.cn/k/ja/id/040485.html

再利用、「複製」をクリックしたつもりが「編集」をクリックしていたりして？

レコード番号などで確認してみて、明らかに新規レコード番号になっていて元のレコード番号が削除されている、とかいう状態ならコミュニティではなくサイボウズさんにお聞きした方がよいと思います！