それぞれの部門で必要な情報と、そうでもない情報があると思うので、
一覧やグラフをそれぞれの見たい情報まとめて作って、
それぞれアクセスしやすいように説明部分にリンクを張ってあげるとか、情報にアクセスしやすくしてます。

自分にとっていらない情報が多いと、どうしても人はストレス感じちゃいますよね。
なるべくクリック数少なく、スクロール少なく、情報少なく、ノイズ少なく！を意識してます。

あとは、アクセス権を注意してます。
レコード削除禁止だったり、部署によって必要ない部分はフィールド編集制限かけたりですかね。
https://jp.cybozu.help/k/ja/user/app_settings/rights/field_rights.html

複数部門での利用となると、「スペース」機能を活用する必要が出てきます。
スペースごとに権限の割り当てができるので、どのアプリをどのスペースに割り当てるか？を考えておくのが良いでしょう。

複数部門にわたり…

小生、そのような大規模のものを手掛けたことがありませんし、どういったシステムを構築したいかにもよると思いますので、「考え方のほんの一例」として捉えてください。

扱うデータ（レコード）は連携や集計のし易さを考慮すると、できれば一か所（一つのアプリやCSV）に集約するのが妥当と考えています。
※Excelで言うと、行（レコード）に対して、各々の部署が扱う全データが列（フィールド）にズラッと並ぶイメージです。

で、各部署には、自部署が取り扱うデータだけをピックアップしてメンテ（書き戻し含む）できるようなアプリを別途用意するか、基本機能のグループかカスタマイズによるタブ化を多用して必要部分だけ表示／メンテできるようなフォームのアプリを考えます。
※基本機能だけで構築したいのなら「グループの多用」ですね。この場合は、集約レコード群のアプリとすることができそう（アプリ一つで済みそう）で、他はカスタマイズ必須だと思います。

利用時の注意点ですが、https://kincom.cybozu.co.jp/chats/2cungw6wsnrhzr9p などにあるように、kintoneは基本「同一レコードの複数人同時編集」は不可ですので、そういった競合動作が無いように運用規定を定めるとか、カスタマイズを活用して各人の保存タイミングをズラすとかの工夫も必要かと。

いずれにせよ、初動を誤ると運用中にアプリ大改修などといったトラブルを招きかねないので、まずはシステムの構造を熟慮すべきかと思います。

ご参考になれば幸いです。