当方はまだ試験運転中ですが・・・
担当している広報業務では、アイコンは統一、アプリ名は【広報】を頭につけています。

ただ、今は"はじめたもん勝ち感"が否めないので、近いうちにルール作りは必須になのかな～と、はますけさんの投稿をみて感じました。気づきをありがとうございます。

キントーンの良いところは直感的に操作できるだと思っているので、そこはなるべく崩さないように日々、開発しています。
アイコンはとにかく直感的にすぐに業務内容がわかるものをイラレで作っています。
担当に方に業務に一番近いアイコンを選んでもらってもいいかもです。
そして、アプリ名の前に【申請】とか【報告】とか業務の振り分けでアプリの並び順で同じような業務は近くに並ぶようにしています。
後はきったんさんがおっしゃる通り開発中のアプリは非公開スペースで対応しています。
テーマは直感的操作です！

アプリの名前の付け方、
定期的に話題に上がるようになってきましたね。
こちら過去の投稿ですがご参考になさってください。
https://kincom.cybozu.co.jp/chats/n4afhfknf01ufqzs

なお、ポータルを使う環境、およびプラグインが使える環境でしたら、
ユーザーごとに設定したアプリへのショートカットを表示するプラグインもございます。
ポータル内アプリ表示プラグイン
https://www.tis2010.jp/portalviewer/

また、アプリ一覧をカテゴリー分けして表示できるアプリを作成できるプラグインもあるようです。
https://www.tis2010.jp/applist/

名前やアイコンの工夫だけでなく、
例えばテスト中や開発中のアプリは開発者用の非公開スペースで作成し、運用開始してから公開スペースに移動するということを私はしています。
非公開スペースにあるアプリはそのスペースに参加していない人には見えないのでアリっちゃアリかもしれませんね。