「時刻」ではなく「日時」を使用して計算してみてはいかがでしょうか？
例えば朝９時に出勤、徹夜作業して次の日の１２時に退勤した場合でも
「終了日時」-「開始日時」で正確に勤務時間を計算できます。
２徹でも３徹でもちゃんと計算できますよ。

想定がブラックすぎますか？

やまぐち様、とし様。
ご回答ありがとうごうざいます。参考サイトにありましたチェックボックス等判断用のフィールドは考えましたが、ユーザーの使用感(アナログ年配者等…)を踏まえるとほんの1つのフィールドもなやみどころでした。

開始時刻の方が大きければ…単純ですが盲点でした。閃かなかったです。そちら組み込めばうまくいきそうです。
明日また取りかかってみます。

ありがとうございました。

ジャッカルさん、こんにちは。

わたしもkintoneで勤怠管理アプリを作りました。
深夜0時を超えた場合の処理ですが、
終了時刻より開始時刻の方が大きい場合、業務時間は「開始時刻 + 24時間 - 終了時刻」で求められるかと思います。