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グラフを作成すれば重複したものは、
「2」以上で表示されますが、、、
いかがでしょうか？

お疲れ様です。

　「社員番号＋資格番号の文字列フィールド」は、アプリが稼働してしばらくした後に追加したフィールドでしょうか？
kintoneの計算フィールドや自動計算のタイミングは「レコードを作成・編集して保存したとき」となります。
そのため、既に入力済のレコードについては、「編集して保存」しない限りフィールドの値が計算されないので、空のままとなります(なので、関連レコードにも紐づきません)。

　既に入力済のフィールドで重複を確認する場合（例：社員番号のみ）であれば、問題なく動作すると思います。

対応策ですが、

1. 1件づつ、編集→保存する。
2. アプリのデータのレコード番号と更新者だけをCSVでエクスポートし、そのデータをインポート。インポートの際には「レコードの追加と更新」を選び、更新キーはレコード番号とする(レコードはCSVインポートで更新されると自動で再計算されるため、その習性を利用。更新する箇所が最低でも1か所ないと動作しないため、更新者と更新者で更新(変化なし)している)。

のどちらかを行えば、正しく設定されていれば、関連レコードで認識するようになると思います。

ただ、CSVインポートは間違って実行すると、データがおかしくなるので、簡単なアプリでテストして手順を覚えてから作業することをおすすめします。

頑張ってください。

こんにちは
重複しないように登録するなら
　https://www.tis2010.jp/doublecheck/　かな、と思ったのですが、検索したいんですね。

検索して、削除したいんですかね？　私だったら…
　「レコード番号」「社員番号＋資格番号の文字列フィールド」を含めて、CSVで書き出す。
　Excel上で条件付き書式かCOUNTIFで重複チェック
-削除レコードが多い時
　該当アプリに　削除レコード（数値）でもなんでも絞り込めるフィールドを作成
　重複チェックしたCSVを読み込む
　絞り込んだレコードを削除する
そのあとは重複レコードは入らないようにする…ですかね。

質問の趣旨と違ったらすみません。

TIS社の「レコード重複チェックプラグイン」を利用してみてはいかがでしょうか？
https://www.tis2010.jp/doublecheck/