コメントいただきありがとうございます。
「Bアプリ」から「Aアプリ」のレコードというのは
「Aアプリ」にある契約番号や請求先などの情報をデータ参照して「Bアプリ」上に

表示させてcsvを出力したいという意図でございます。

▪️Aアプリ：情報A 情報B 情報C 情報D 情報E 情報F 情報G
⇩(Dailyでデータ取得)
▪️Bアプリ情報A 情報D 情報E
↓

csv出力

＞・「Bアプリ」のフォーム上に契約番号や請求先の参照したい項目をルックアップで「Aアプリ」から取得させるようにしたが、自動でデータを取ってこれない

こちらの部分ですが、ルックアップは情報を取得した時点のものまでしか取得出来ないのです。
一度Bアプリでルックアップして取得した後、Aアプリで情報Aの更新や情報Bの追加を行っても、それはBアプリに自動で反映というのは出来ないです。
ですので、（Dailyでデータ取得）というのが、一日に一度の更新でいいのであれば、sujiさんのおっしゃるようにCSVのインポートをしなおしルックアップ情報を一括取得するという方法があります。
回答として合ってますでしょうか。

まるやまさんの回答通り、基本機能ではできない部分となります。

Dailyでデータ取得を自動でやりたいのであれば、

DataCollect（データコレクト）
や
krewData

などのデータ操作系プラグイン、
もしくはRPAでの対応になるかと考えます。

以上です。