想定が２パターンあるのであれば、自動で開くよりは、
その時の使い方に応じて手動で開かせた方が使い勝手が良いと思います。
余計なページが開いても人によっては混乱を招くことにもなりかねません。

それと、AとBがなにかしらの項目をキーとして結び付いているのであれば、
関連レコードでAに表示することもできると思います。

はますけさん
初めまして。AとBの関連性を少しでも詳しく伝えてもらわないと、
どういった対応が良いのか分かりにくいかと思われます。

必ずBが開く方がいいのか、開かない方がいい時もあるのか。
そういった点でも対処法が変わってくるかと思われますよ。

はじめまして！
「Aのアプリのレコード参照画面」というのは詳細画面のことでしょうか？

Bのアプリを別窓で開きたいという目的みたいなものをお聞かせ願えますか？
あと標準機能でやるかプラグインやカスタマイズが使える環境かどうか、
などわかると誰かが答えやすくなるかなと思います！

別窓で開き、何をしたいかによっても方法は様々かなと思われます。
その辺りを提示してもらえれば適切な回答が出来る（もらえる）かもしれませんね。