解決できましたのでご報告いたします！
・ログインユーザーを取得する
・キーを指定してレコードを取得する
　社員マスタ　ログイン名のコードをキーにする
・フィールドに値をセットする
　社員マスタから社員番号をセット
・ルックアップを取得しなおす
・条件を組み立ててレコードを取得する
　承認ルートを参照
　その中の優先する組織を検索条件にセット
・フィールドに値をセットする
　承認ルートの中の「上司１」「上司２」の値をセット

これで出来ました！
ルックアップを取得しなおす必要性がイマイチわかっていませんが…

お世話になりました！またよろしくお願いいたします笑

こんにちは！
フリープランの方向けに、疑問を相談する窓口も用意されているようです。
チャットだと難し方ことも、直接お話しすると解決しやすいこともあるかもしれません。
良ければご相談されてみてください^^
https://haisai.gusuku.io/customine-consult-2025

あと、CUSTOMINEには、「ログインユーザーを取得する」「ログインユーザーの所属組織を取得する」というご希望に添えそうなアクションがありますので、

①「ログインユーザーを取得する」でログインユーザーを特定し、
②①と所属組織を紐づけたアプリから①をキーにして絞り込んだレコードを取得し、
③［所属組織］フィールドの値を所望のフィールドにセットする。
とか、
（kintoneで組織の設定がされていることが前提になると思われますが、）
①「ログインユーザーの所属組織を取得する」でログインユーザーの所属組織を持ってきて、
②①の値を所望のフィールドにセットする。
とできるかもしれません。

これらをうまく使えれば、ルックアップ再取得も無くせそうですね。
検証等していないので、ジャストアイデアですみません🙇🏻

カスタマインの設定画面では一番下の赤いレコードのところが。クリックしても何も出てこず、何かが違うんだろうな～と思ってます。

のところで、

先ずは、「レコード件数が0件ならば」の右端の黄色❓をクリックしてヘルプドキュメントを見てください。

他のアクションで取得したレコードの件数を調べ、０件だった場合に条件を満たします。

なので、何らかのレコード取得アクション（例「全レコードを取得する」）を置かなくてはいけません。
レコード取得アクションが置かれていれば、それらのアクション番号を選択できるようになるハズです。

ついでに申し上げると、フィールド値がある値だった時にエラーメッセージを表示したいのであれば、追加の条件は「フィールド値が特定の値ならば」を置いてください。（「フィールド値が空ならば」なども置けるかは…試してないので分かりません。）
↑詳細は、「フィールドエラーを表示する」の右端の黄色❓をクリックしてヘルプドキュメントを見てください。

手前味噌ですが！

カスタマインで承認者自動入力！アプリ2つだけで兼務もイケるよ！代理申請も！
https://note.com/kentaro1sh11/n/n0faf68cf6e30

ズレたこと言ってたらスミマセン！

そうですね！ドツボにはまってしまっていますね😂

ちなみにですが、承認者は日報を受け取ってチェック（承認）する、いわゆるプロセス管理をしたいという認識で良いでしょうか？

実はkintoneの基本機能で「所属長（上司）」を設定することが出来ます。
https://jp.cybozu.help/k/ja/app/process/assign_manager.html

こちらでいかがでしょうか？