かなさん

コメントありがとうございます。
自分がヘルプに目を通し切れていないのかもしれませんが下記ページ参照の「アプリの管理/使用/削除」の許可チェックボックスを外せば、そのユーザーや組織の方はレコードを見れなくなるという認識で合っていますか？

【アプリグループにアクセス権を設定する】
https://jp.cybozu.help/k/ja/admin/appgroup/appgroup_rights.html

相違なければ参照させたくない組織の許可を外したアプリグループをデフォルトにすることで実現できそうです。

すみません、、ちょっと認識に誤りがありました。

現在既に「Public」になっているアプリはこのアプリグループの変更は出来ないため、アプリのアクセス権の変更が必要です。

アプリがどこかスペースに所属している場合は、スペースを設定から「参加メンバーだけにこのスペースを公開する」に☑を打てば同様の効果が得られます。
（所属が（なし）になっている場合は出来ません。）

これから新たに作るアプリと、現在「Public」以外（Private など）のアプリに関してはアプリグループの変更が可能です。

ちょっとややこしいですが総括すると、
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
①既アプリ かつ 「Public」→ 個別にアプリのアクセス権を設定
②スペース内で作ったアプリ →「スペースを設定」→「参加メンバーだけにこのスペースを公開する」に☑
③新規アプリ or 「Private」→アプリグループを設定
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
ということですね。

「アプリの管理/使用/削除」の許可チェックボックスを外せば、そのユーザーや組織の方はレコードを見れなくなるという認識で合っていますか？

こちらはその認識で良いと思います。

今後の設定、ということでデフォルトのアプリグループを設定するのは良いと思います。

「既に「Public」になっているアプリはこのアプリグループの変更は出来ない」とのことですが権限を編集しようとしたところ「Public」になっているアプリでも別のアプリグループに変更することができるようです。ただ一部のアプリでは「Public」から変更できないアプリもあるようです。
この違いはどこに起因しているかわかりますでしょうか？

恐らく「アプリの所属するスペースの変更」のことだと思うのですが、
スペース内で作ったアプリかそうでない（ポータルのトップから作った）かがカギとなります。
（前述の②のことです。）

（アプリ権限の「Public」は変更できないので。。）

https://jp.cybozu.help/k/ja/user/app_settings/rights/change_appgroup.html

認識が異なっているのかもしれませんがアプリのアクセス権画面のアプリグループ変更のことで間違いないでしょうか？
以下のようにアプリグループがPublicから変更できないアプリとプルダウンからアプリグループを変更できるアプリがある模様でその違いがどこに起因するのかが気になっています。

すみません、、私の方で再現できないので、もしかしたらですが、今までのデフォルトが「Public」になっていて今まで一度もアプリグループを変更していないアプリがそれに該当しているのではないでしょうか。

どちらにしても、一度でも変更したかどうかは開いてみないと分からないと思うので、憶測の域を出ませんが…。

スペース内アプリは「Public」となり、変更ができません。
スペースに所属しないアプリのみ、アプリグループを変更することができます。

以下キントーンヘルプご参照ください。
https://jp.cybozu.help/k/ja/user/app_settings/rights/change_appgroup.html