アプリの改修後は予期せぬ不具合が発生したり・・・というのもよくあることですよね。
なので、
・改修作業を試すためのクローズドなスペースを作成
・そのスペースにアプリを複製して改修
・テストを行い、不具合を解消
・現行アプリをテンプレ+データとしてバックアップ
・現行アプリを改修
という流れが安全かと思います。

アプリ番号とか諸々が他のアプリに影響すると困るので、現行アプリを改修というのを前提としています。

以下、既にご存じの情報ばかりかもしれませんが私の状況をシェアしますね。

＞アプリの改修をした後に改修前の時点に戻す
こちらに関しては、設定変更を本反映させる前に"アプリの動作テスト"で動作や使い勝手を確認するようにして、やっぱり変更しない方が良いとなったら変更を中止するようにしています。
アプリの動作テスト：https://help.cybozu.cn/k/ja/id/040483.html

それと、"アプリ管理者用メモ"等を使って変更履歴を残しておき、本反映後にどうしても戻さなければならない場合はその履歴を見て力技で戻す感じですね💦
アプリ管理者用メモ：https://help.cybozu.cn/k/ja/id/040558.html

以下のヘルプページも参考になるかもしれません。
▶アプリの設定変更を本運用環境に反映させずに、途中で下書き保存できますか？
https://jp.cybozu.help/k/ja/id/040223.html

＞ブラウザなどの不具合によって壊れてしまった・消滅してしまったアプリを復元（プラグインの設定も含めて）
こちらに関しては、アプリはアプリ作成し始めた時点でアプリ管理画面上に表示されるようになるので、ブラウザの不具合（突然フリーズしたり、ブラウザが閉じてしまったり？）であれば探す事は出来ると思います。
アプリ管理画面：https://help.cybozu.cn/k/ja/admin/app_admin/manage_app.html

細かいフォームやプラグインの設定に関しては、こまめに保存ボタン（アプリを更新ではなく）をクリックする事で対応していますね（というより、それ以外の方法を知らない…）。
万が一PCやブラウザがフリーズしてしまった場合は、再起動後に上記のアプリ管理画面から対象アプリを探し、最後に保存してあった段階から作業再開、という感じです。

アプリ毎の改修履歴が自動バックアップされて、とある時点の状態に戻すみたいな事が標準機能で簡単にできるようにならないかなーとは常々感じているので、いつかkintoneアップデートで機能実装されると良いですね😂

試したことがないので的外れでしたら申し訳ないですが、
gusukuさんのdeploit機能でできるでしょうか？
https://deploit.gusuku.io/

この機能でアプリ全体のバックアップができないにしても、
①レコードだけバックアップ
②既存アプリを複製
③複製したアプリで修正を進める
④修正がうまくいけばレコードをぶちこむ

このような感じでいけないでしょうか？
プラグインの設定は変わってしまいそうですが・・

kintoneに限らず記録の残っていないものを復元することは基本的にできないと思います。
例えば「ブラウザなどの不具合によって壊れてしまった・消滅してしまったアプリ」でも記録が残っているのであれば復元できる可能性はあると思いますが、kintoneには直前の操作などを記録を残す機能は無い認識です。

業務の内容にアプリが定着するまでは結構頻繁に変更を加えますし、業務内容の変更によってもアプリをいじるので、そうしたときに前の方がよかったとか、間違えてブラウザを閉じちゃったとかとか事故があるので同じようにそうした機能が欲しいと思います。

対応策としては作業前にはバックアップをとることだと思います。
ただバックアップの方法もバックアップしたデータから復元する方法もカスタマイズなどの技術的な知識が必要になります。
これらに対応できるプラグインも私は見つけられていません。

私もこのあたりが不満なので、自分でプログラムを作ってなるべくバックアップをとりならが修正ができるようにしていてますが、まだまだな出来ではないですね＾＾；