西村さん

この時期は大変ですね。
私はあまり経験がありませんが、
組織の事前設定を利用して対応したことがありますが
これも一度設定すると変更できないので運用上、難しいですね。

他のグループウェアで以前対応した方法では
新旧の組織を作成して、ユーザは各新旧組織に所属させ
データ移行等の期間も含めて、並行期間を設けるというやり方で対応したことがありますね。
大規模組織の変更となると一括で対応できるものもありますが、
エンドユーザにデータ移行等お願いしないと難しいものも多いのではと思います。

上記対応ではkintoneアプリのアクセス権等の対応も必要ですね。

kintoneアプリの組織データ項目は並行期間中に一括でExcel連係アドインを利用して更新するという
対応で対応いただいたことがあります。

項目的には組織以外にユーザ項目なども変更の対象になりますね。

大規模組織変更対応は経験があまりありませんので
実運用されている方、また、サイボウズさんからいい方法を投稿いただけるのを
期待したいと思います。

グループウェア上での人事異動、組織変更の対応大変ですよね。
Garoonとkintone両方使っているので、どちらも不具合出ないようにと気を使います。
幸いにもツリー構造そのままで判断されているわけではなく内部的なコードで処理されているようなので、既存の部署がそっくりそのまま別部署の配下に移動する分には親組織を変更するだけで済むのでありがたいです。
組織の事前設定という機能もありますが、まだ活用したことはないです。一度使う直前まで行ったのですが、割り込みで別の変更が入ってしまったため予定を削除しなければならず、労力が無駄になったためにそれ以降設定したことがないです。
兼務についてはそれぞれの部署に所属させる（引き継ぎに関しては引き継ぎが終わるまで）という形で対応しています。

組織図をそのまま反映することは難しいので、kintone等運用のための組織図だと割り切った方が良いと思っています。
それでも表現しきれない部分はグループ（ロール）で対応していっています。

質問の趣旨からはちょっと外れてしまいますが、グループ（ロール）で静的と動的がありますが、kintoneでしか動的が使えないのが辛いです。これがGaroonでも使えたら管理が楽になるのに・・・。