こんにちは！ルックアップの自動更新、困りますよね…基本機能ではどうにもならないそうなので…残念。
CSVでやる場合は、レコードに更新さえかかればいいので、必須項目だけCSVで書き出して何も触らずにアップロードすれば、更新されるのでデータの一部が変わる恐れは防げるのではないかと思います。
でも面倒ですよね。
私は、こちらの記事を参考にjsカスタマイズしました！
丁寧に手順も書いてありますので、分かりやすいと思います。jsを書くのに抵抗がなければお試しいただくといいのではないかと思います。
https://developer.cybozu.io/hc/ja/articles/204537310-%E7%AC%AC11%E5%9B%9E-kintone-REST-API%E3%82%92%E5%88%A9%E7%94%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%AC%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%89%E6%9B%B4%E6%96%B0-%E3%83%AB%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E8%87%AA%E5%8B%95%E6%9B%B4%E6%96%B0-

こんにちは。
以前ライトコースからスタンダードコースに切り替えまして、その大きな理由はまさにデータ更新の問題解消でした。
人力だと大変ですよね…。

私の場合は、ライトコース中にやってみたいことがどんどん増えたいったので、要望に合わせて組み合わせられるgusuku Customineという連携サービスを導入しています。
データ更新まわりも充実しているのでとても助かっています。

カスマイズ例：ルックアップコピー先の自動更新をするkintoneのカスタマイズ
https://support.gusuku.io/ja-JP/support/solutions/articles/36000044651-%E3%83%AB%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E3%82%B3%E3%83%94%E3%83%BC%E5%85%88%E3%81%AE%E8%87%AA%E5%8B%95%E6%9B%B4%E6%96%B0%E3%82%92%E3%81%99%E3%82%8Bkintone%E3%81%AE%E3%82%AB%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%BA

gusuku Customineは1アプリ無料のフリープランが用意されているので、試しに操作できます。

また、9月28日（火）にkintone Café 神奈川 Vol.9（オンラインでアーカイブも残ると聞いています）がありまして、
そこのテーマがプラグイン・連携サービスについてです。

▼kintoneコミュニティ案内板（仮）のコミュニティのイベントにリンクがあります
https://kintone-guide.cybozu.co.jp/

私も登壇してgusuku Customineのデモをお見せする予定なので、参考にしてみてください。
（当日はルックアップの自動更新は触れないかもしれません…その点すみません）

ご参考になれば幸いです。

下記のTIS様のプラグインは無料で使用できますが
ルックアップ元に重複チェックが入っていないと更新できません
https://www.tis2010.jp/bulkupdate/
このプラグインの場合、ルックアップ取得先のアプリ毎にプラグイン設定しないといけないので、

さらに簡易的に行う場合はカスタマイズや有料を検討することになりそうですね

有料プラグイン↓　コチラなど（お試しはできそうです）
https://kintone-sol.cybozu.co.jp/integrate/msol013.html