基本機能だけで、ものすごくシンプルに作るなら…の例です。
社員全員がkintoneアカウントを持っているのが前提です。

氏名は「ログインユーザー」
日付は「レコード登録時の日付を初期値にする」にチェックON
出勤時間は「レコード登録時の時刻を初期値にする」にチェックON
これで、出勤した社員は勤怠管理アプリを立ち上げてレコード追加するだけで出勤登録できます。

「本日のレコード」一覧は、氏名がログインユーザー、日付が本日のものだけ表示させておきます。
退勤時はこの一覧から選べば、１つしか表示されていないので検索する必要はありません。

社員番号自体が取得できないのはネックですが、在席確認だけならこれでできます。
「kintone上で在席者の社員番号を確認する事」が絶対条件であれば、もうちょっと考える必要がありますね。

勤怠では無いですが複数個所ある施設の入退館管理をバーコードを利用して
収集し、各施設の現在の入館者数・毎日・毎月・年間レポートを作成したことがあります。
当時（2016年）はプラグインもあまり無く、QRコードリーダも高額ということで
バーコードで処理したものです。ご参考に事例資料添付します。
今でしたらQRコードも安価なものがありますし、プラグインも色々ありますので
開発も色々な方法で検討できますね。
・バーコード読み取りの為、ｊｓでカスタマイズしています。
・レポートはExcelとkintone連携するツールを開発しておりましたので
　それを活用しました。

勤怠管理、kintoneでやりたいというのもよく聞きますよね。
QRコード読み取りしてレコード追加・更新ならカスタマインとかがやりやすいかなとは思います。

あとは勤怠管理ツールのkinconなど、勤怠管理をするツールをkintoneに連携するという手もあります。

勤怠管理、kintoneでどこまでやるかによって難易度も上がってくるでしょうから、kinconなどの勤怠管理ツールを使うほうが管理者も楽になりそうですね。