kintoneにインポートする前にcsvをエクセルに「PowerQuery」で取り込むと言う手があります。
取り込む際に加工できるので不必要な項目は削除できますし、Excelを保存しておけば次回処理も「更新」するだけで可能になります。
一回一回csvを開いて加工するよりは時短になると思います。

こんにちは。

とりあえず全部インポートしておいて、必要な項目だけ一覧に設定し、
日付条件等必要ならフィルタ条件かけておけばよいです。

ユニークな番号（申請書番号？）をkintone側で重複禁止に設定し、
インポート時に一括更新のキーに指定してやれば、
　すでに存在する申請書番号→上書きに行く（同じ内容で上書き）
　存在しない申請書番号→新規登録
となるかと思います。
メモとか必要であれば、元のcsvに存在しない項目を
kintone側で作っておけば、上書き対象にならないのでそのまま保存されます。

もしくはデータ一括削除→全ローデータをインポートという乱暴な方法も取れます。
この場合、過去のメモとかは一緒に吹っ飛びますが…。

見た感じ申請書番号がユニークな（重複が無い）番号と思って書いてますが、
もし違った場合は別のやり方を考えないといけないです。

以上です。