井上さんが書かれているように、作成中のアプリは専用スペースで、運用時は運用スペースでというのが良いかと思います。

さらに、アプリ管理画面から
・レコード数が1桁
・半年以上更新されていない
などのような条件に該当するアプリは
・ゴミ箱スペース
に移動させ、作成者に対して
「長らく使われていないアプリのようですので、〇〇日後に削除します」
という風に処理していくのがベターかと思います。
こっそり
・テンプレ
・データ
をバックアップしておいてもいいかもしれないですね。

お疲れ様です。
やはり、オーソドックスなやり方は「お試しスペース」と「本運用スペース」を作り、「本運用申請アプリ」を作って、定期的にお試しスペースの中身のアプリは空にする(消されると困るときは、本運用申請か、削除延期申請を行ってもらう)っていう方法ではないでしょうか？
部署が少なければお試しスペースは部署ごとに作成、部署が多い場合はお試しスペースは一つでアプリ名の先頭に_とかで区切って所属コードと職員番号をつけてもらうとかが良いんじゃないかと思います。

既に1000が近いってことで、まずは部署ごとの本運用スペースを作って、各部門に照会したうえで、管理者権限を持つ人が、生きてるアプリを各スペースに移動することからはじめるといいかもしれません。
(スペースに動かすときは、アクセス権の設定に注意が必要ですが)

うちはそもそもアプリを作る人間が少ないのであれですが、徹底していることとすれば、
「アプリをコロすな！」ですかね。笑

①同じようなアプリが無いか、作成時に確認する。（テストや過去使用して使っていないなどで眠っているやつがあれば「喜んで」再利用する）
②別部署で同じ内容のアプリが必要な場合は、各部署共通のスペースを使う。
　※アプリの一覧設定で部署名ごとの一覧を必ず作成する。
③同じようなアプリが出来てしまった場合、存在している場合は統合できるようであれば統合する。
④使いまわせる情報（社員名簿やよく使うリスト）は一個アプリを作って新しく作るアプリにルックアップとして使用できるようにする。
⑤基本は類似情報であれば、④のアプリに設定情報を追加する。（フォームを追加する）
⑥みんなが使う(入力する)アプリは、分かるようにお知らせやスペースにアプリアイコンを設置する。

というところでしょうか。
こんな感じで常に整理して使っているので、同一アプリは存在しておらず、3年目になりますが、アプリ数は130程で業務もキントーン化できるものは7～8割程度キントーン化しているので今後も急増することはないかな、という感じで棚卸しするところまで至ってないですが…(;´･ω･)

使用する側もですが、作った側も何を作ったのか忘れがちなので、⑥はとても有効ですよ。
作る側も数を絞って延々使いまわしてれば何があるか大体覚えてますし。笑
ちなみにルックアップでしか使わない④系のアプリはアイコン設置してないです。
↓参考までにアプリアイコンの貼り付け方添付します。
これから整理するとなると大変だと思いますが、健闘を祈ります…！