値が空の項目がありませんかね？
もしあれば、元のExcelにダミー値入れるか、
kintone側の計算フィールドで空の場合はダミー値、空でなければ元の値、とするif文入れて分類項目として利用。ですかね。

「アプリの設定画面からグラフを追加する」
https://jp.cybozu.help/k/ja/user/app_settings/report/set_report.html

[分類する項目]に指定した項目の値が空のレコードは、集計対象になりません。

こんにちは！はじめまして。
Excelでの検算の元データはkintoneから出力されたものでしょうか。

私の経験では、数値の丸め方がExcelとkintoneで差があり集計結果が合わないことがありました。
（数円単位ですが…)

単価レベルとかで差異があるのであれば、kintoneで計算しているレコードとExcelで絞り込んでいる内容に差があると思いますが…。

とりあえず、対象のクロス集計表のグラフの種類を"表"に変えれば対象のレコードを表示できるようになるので、そのレコードとExcelでどこの数値に違いがあるのか一つずつ当たるしかないかと思います。