アソシエイトの勉強をするのもいいかもしれません。
私は導入5年目の今年アソシエイトの勉強をしたのですが、
もっと早く勉強すればよかった！こんな機能あったんだ！と発見があったので。
ただ、たなよしさんの言う通り、kintoneは業務改善のツールであり、アプリ作成がゴールではありません。ご自分の会社がkintoneでどういった業務改善をしたいのか。を考えると自ずと強化するポイントが分かり、それに見合った習得方法が分かってくるのではないでしょうか。

kintoneを触って1年くらいしてから、振り返ったことがあります。
事例、基本機能、データベース、カスタマイズあたりを行き来していると身につきやすかったです。（カスタマイズは何となくでも知っておくと良いと思いました）
過去に作った資料なので今はさらにコンテンツが充実していると思いますが、画像を添付します。
体系的にということであれば、アソシエイト試験の学習は網羅的に見たり触ったりするのでやってみて良かったです。

まず、「kintoneを使いこなす」の定義が分からないので、何をオススメすればいいかも分からないのですが、この手のサービスの場合、Try&Errを繰り返すことで自分に何が足りないかが見えてくるんだと思います。

目的が「kintoneを使いこなす」になってしまうよりも、「〇〇の改善のためにアプリを作る」の方が健全ですし、そのために身についた知識の方が重要ではないかと思います。

法曹界ではないですから、資格とって六法全書を丸暗記するくらいでないと仕事にならんということもないです。

都度壁にぶつかりながら、それを乗り越えるべきか、避けるべきか、破壊すべきか、といろいろ考えを巡らすことも大事なんじゃないかと思います。

kintoneを触ってる多くの人はこうやって育ってると思います。
どうせ、出来上がったと思ったアプリも、リリース＝完成とはいかないですから。

学習コンテンツも多数存在していますので
「kintone　e-learning」
と検索してみてご自身に合った学習方法を探してみるのが一番ですね！

体系的ということであれば公式youtubeはいかがでしょうか
https://www.youtube.com/playlist?list=PL7Mp3Q45NKA8rooYeagsOZUp6eWG0LdVb