Bファイルを作るときに追加したデータがエクセルで言う行か列かによると思います。

①行の場合
A部分の行を消してB部分だけ読み込む。
もしくはA部分は変更が無いからそのまま全部読み込む。

②列の場合
レコード番号列だけ残してAファイル部分の列を削除してBファイルを読み込む。
その時に一括更新のキーとしてレコード番号を指定する。
もしくは①同様、Aファイル部分は触ってないからそのまま全部読み込む。
この時も一括更新のキーとしてレコード番号を指定する。

という感じで答えになってますか？
もし違ったらまた教えてくださいー。