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小生も、もりおすさん案に賛同します。

詳細手順を補足します。
①現状の全レコードをCSVで書き出し、
　※本件の場合、「レコード番号｜現行ルックアップフィールド（以下、旧ルックアップとします。）｜［ほかのフィールドのコピー］に設定されるフィールド」だけでよろしいかと。
②旧ルックアップの名前とフィールドコードを別名（例　{元の名前}_）に変更し、
③新ルックアップフィールドを追加し、
④必要な設定と名前とフィールドコードを元の名前にして、
⑤旧ルックアップを削除して［アプリを更新］
⑥①をレコード番号をキーにして一括更新（CSV読み込み）する。
　※ルックアップフィールドの値に修正すべき点があり、その値が予め分かっているならば、CSV上で修正しておくとよい。（［ほかのフィールドのコピー］に設定されるフィールド値については、最悪修正完了後に個別に再［取得］すればよい。）
となるかと。

あと、アプリ稼働中に修正するなら、「アプリのメンテナンスモードを有効または無効にする｜kintoneヘルプ」にもとづいてメンテナンスモード下で作業する・ユーザーに一時使用不可となる旨周知する くらいでしょうか。

ご参考になれば幸いです。

Seal777さん、さすがです。ありがとうございます。

私が書かなかった細かなところも網羅いただきありがとうございます。

やすたかさん

Seal777さんのやり方でやっておけば間違いないと思います。

返信ありがとうございます。

まだ、初めてばかりでCSVの書きだしは実施したことありますが取得、読み込みはしたことが無いのでサンプルアプリで経験を積んで実施したみます。