いつもコメント頂き有難うございます。

試したのはgusuku Customineです。
初めての試用でしたので、gusuku管理画面、Customineドライブ画面の違いがわからず、
ドライブ画面に追加したフリープランの登録ドメインに認証情報（管理者ユーザー）が残っているのが気になりました。
Customineドライブ環境からkintoneにアクセスしてJavaScriptファイルを登録する仕組みのようですので、ドメイン登録に認証情報としてID、PWを入力するのは必要な手続きということですね。
APIトークン認証機能については上記と同様の手続きとなるのでしょうか。
自身でも少し調べてみます。

gusukuCustomineですね。
アプリカスタマイズの際はAPIトークンかID,パスの認証方法を選択できるようですね。
設定で登録用のドメインのID,パスは登録しますね。

私も長く触っていないので詳しくありません。申し訳ありません。
ご心配でしたら、R３さんのサポート窓口に直接問合せして
ご確認いただいた方が安心です。

管理画面にサポートボタンがあったと思います。