アプリ管理は大切ですよね。

まず、「アプリ管理」アプリを作って、
アプリ管理画面の「アプリの一覧」をダウンロードして、
そのアプリに読み込むのが基本だと思います。
https://kintone-sol.cybozu.co.jp/apps/app_management.html

さらに、「開発中の機能」の、「このアプリを参照しているアプリ」画面で、
アプリをルックアップまたは関連レコード一覧で参照しているアプリの一覧が表示されます。
https://kintone.cybozu.co.jp/update/main/2024-06.html#indev

「アプリ管理」アプリで、参照しているアプリのフィールドを追加して管理できるとよりいいと思います。

その上で、ご質問のようなケースでは、
③の載せ替えをどのように実現するかを、アプリ同士の関連付けを確認して、
事前に準備するといいと思います。

例えば、
④子アプリα　のルックアップを親アプリBを参照するように変更し、データも洗い替え
⑤親アプリA　を削除
というような手順になるかと。

いかがでしょうか。