プロセス管理や、アプリの条件通知（レコード、リマインドを含む）に設定されていると届くようですね。
https://jp.cybozu.help/k/ja/trouble_shooting/notification_qa/edit_records_notify.html

通知が来ないようにするには設定を解除するしかないので、そもそもプロセスを外せない場合はメールも届きますね。
もしどうしてもメール通知を外したいという場合は、共通管理のアカウント設定でメールアドレスを削除するのが良いかなと思います。