pdfへのタイムスタンプは必須項目では無いので、sujiさんの仰る通り事務処理規定にて対応するかたちですね！
削除の履歴はきったんさんのコメントで解決したのですが、修正の履歴は作れず困っていました・・・！
何を変更したかわからないと、変更履歴にならないのでしょうか？難しいところです。

＞４　処理責任者は、取引関係情報の訂正及び削除を行った場合は、当該取引関係情報に訂正・削除履歴がある旨の情報を付す
＞５　「取引情報訂正・削除申請書」及び「取引情報訂正・削除完了報告書」は、事後に訂正・削除履歴の確認作業が行えるよう整然とした形
なので、
・「取引情報訂正・削除申請書」アプリに訂正前訂正後の値を入力必須にする
・「取引情報訂正・削除申請書」アプリをプロセス管理で申請者→処理責任者→管理責任者→処理責任者（ここで作業）→管理責任者で回す
・「請求書管理」アプリに関連レコードフィールドを持たせて「取引情報訂正・削除申請書」アプリのデータを表示させる
かなー、と妄想しています。
「請求書管理」アプリにも変更履歴は残るんですが
＞事後に訂正・削除履歴の確認作業が行えるよう整然とした形
となると基本機能だけではカバーできないので……。

レコードの変更履歴、忘れてました！
あとは「事後に訂正・削除履歴の確認作業が行えるよう整然とした形」として有効かどうかですね。
日時・旧名称・新名称が各レコードに対応して備わっているので、弊社では有効だということに仮定してやってみようと思いますー！
https://jp.cybozu.help/k/ja/user/app_collectdata/history/whatshistory.html

削除フラグで非表示化、とてもいいアイデアだと思います！

国税庁の事務処理規定

（訂正削除を行う場合）
第９条　業務処理上やむを得ない理由によって保存する取引関係情報を訂正または削除する場合は、処理責任者は「取引情報訂正・削除申請書」に以下の内容を記載の上、管理責任者へ提出すること。
　一　申請日
　二　取引伝票番号
　三　取引件名
　四　取引先名
　五　訂正・削除日付
　六　訂正・削除内容
　七　訂正・削除理由
　八　処理担当者名
２　管理責任者は、「取引情報訂正・削除申請書」の提出を受けた場合は、正当な理由があると認める場合のみ承認する。
３　管理責任者は、前項において承認した場合は、処理責任者に対して取引関係情報の訂正及び削除を指示する。
４　処理責任者は、取引関係情報の訂正及び削除を行った場合は、当該取引関係情報に訂正・削除履歴がある旨の情報を付すとともに「取引情報訂正・削除完了報告書」を作成し、当該報告書を管理責任者に提出する。
５　「取引情報訂正・削除申請書」及び「取引情報訂正・削除完了報告書」は、事後に訂正・削除履歴の確認作業が行えるよう整然とした形で、訂正・削除の対象となった取引データの保存期間が満了するまで保存する。

よく見ると、4や5で削除履歴を保存(？)が必要と書いてあるので、レコード削除は悪手のようですね。
訂正申請書アプリを作ろうかと考えておりましたが、いいアイデアを頂きました！

創さん

電子帳簿保存法のためのアプリ完成いいですね。おめでとうございます！
創さんはご存じと思いますが、
もしかしたら最近キンコミをみて同じく、電子帳簿保存法のアプリを作ってみようと思われる方もいらっしゃるかもしれませんので、

以前のきったんさんのリンク掲載します。

https://kincom.cybozu.co.jp/chats/vdfvl6zimlye9nvm

法律に係るところはホントにこれでいいのか不安になる（私がそう）と思うので、こういつ動画は大変助かります。ご参考まで

弊社では、別のクラウドサービスに保存したファイルのURLをkintoneに貼ろうと考えています。

①そのクラウドサービスの検索機能が控えめに言ってクソ
②そのクラウドサービスはファイルそのもののバージョン管理はできる
③kintoneには必要情報をフィールドに保存して検索ツールとして使用
④あとは事務処理規定で運用面でカバー

あとはURLを自動で取得したり、入力を簡単に出来たらいいなーと模索しているところです。