私も同じような悩みを持って説明一覧アプリとか別途ドキュメントなどの作成などを試みたのですが、業務内容がよく変更になる職場で細かい修正が多くアプリとドキュメントの両方の修正が追いつかなくなり困りました。ドキュメント作ったところでほとんど見られないですしね。
今は直接アプリにラベルフィールドを使って直接説明を書いてしまっています。ユーザーが入力するときにも入力フィールドの近くに説明があると分かりやすいですし。

カスタマイズやプラグインを使っている個所などシステム的なことはシステム管理者だけが閲覧できるように権限設定をしています。
アプリの仕様が知りたいと思ったらそのアプリの設定画面を開けばいい、修正があればすぐの場で書き直せばいいという運用は割と楽になりました。

他にいいやり方があると思いますので、一例として。
もっと詳細な説明をまとめたりする必要などがあるとこのやり方は厳しいかもですね。