下記のとおりアカウント共通化の解除はできないです。
https://jp.cybozu.help/k/ja/user/guest/guestspace/guestuser_linkaccount.html

背景にもよると思うのですが、以下のような対応が一番マシかと個人的には思います。

①該当の取引先アカウントで作成・編集した内容をできる限りバックアップ
②[kintoneシステム管理]→[ゲストユーザー管理]でゲストを削除
③再招待(同じアドレスでも別アカウント扱いなので、データは引継がれない＆共通化もされていません)

いぶきさんこんにちは、キンコミ運営事務局です。
投稿いただきありがとうございます！

アカウントの共通化に関してですが、下記へルプにも記載の通り
"一度アカウントを共通化すると、解除できない"仕様となっております。
ご希望に添えず申し訳ございません。
https://jp.cybozu.help/k/ja/id/040644.html

また、機能面のできる / できないを知りたいときや、お悩みがある場合は、
弊社のサポートセンターやヘルプもお使いいただけますのでぜひご活用くださいませ。
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https://kintone.cybozu.co.jp/support/tel.html

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