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こんにちは。

krewData単体で全然可能です。

１）顧客に納入した商品の請求明細情報をアプリで管理する。
２）検収明細データをアプリにインポート、
　　もしくはkrewData連携可能なクラウドストレージに格納
３）krewDataで突合処理、結果を別アプリ、もしくは請求明細情報アプリに吐き出し。

もちろんkrewDataの設定は必要ですが、両データに一致するユニークキーがあるなら
さほど難易度は高くないと考えます。

処理：
アプリ入力→アプリ結合
→外部結合で突合不可（データなし？金額不一致？）を抽出
→定数追加（エラー理由とか表示）
→元のアプリに再結合→出力

krewDataが利用できのであればやってみてはいかがでしょうか。

以上です。

お疲れ様です。

内容を読む限り、請求・検収の2つの情報を、おそらく複数の条件での一致・不一致で判定を行うものと思います。
kintoneの標準機能では、「一致したデータを抽出する」ことはできても「一致しないデータを抽出する」ことは苦手です。
また、照合後にフラグを立てる等の処理を行うと思われるため、この部分もkintone単体では一括処理するのは難しそうです。

以上のことから、おっしゃるとおり、kintoneでやるとすれば、krewData等の連携サービスやプラグインもあわせて活用することになると思います。
また、こちらもおっしゃるとおりですが「Javaでやっているロジックをそのまま移植する」ことであるため、きちんとロジックを考えて移植できる人が必要になります。
（おそらく、社内ではなく外注なり購入でJavaのプログラムを導入しているんじゃないかと推察します）

どんな理由で「Javaからの移行」が必要か？によって、
・今のままでいく
・何かに移行させる（コストや労力を払っても移行は必須）
・そこまでの信頼度を求めないので、個人の開発でExcel等で処理する
を検討することになるのかなと感じました。

何をもって、現行の仕組みと移植後の仕組みを比較して「大掛かり」と言われているのかよく分からない中で恐縮ですが…

①まずは、現行のJavaアプリで何をやっているかをご自身で把握してください。
　※キンコミではコードに関する話題はご遠慮いただいているので、その辺りご配慮ください。
②照合システムのkintone移植については、
　・請求明細データと検収明細データ→個々のkintoneアプリ
　　※ファイル書き出し・読み込みを使えば、アプリ立ち上げ・初期データの移行は
　　　簡単に終わります。
　・Javaアプリでの照合→プラグイン（とどのつまりJavaScript）での照合
　と読み替えれば、現行の仕組みと同レベルの規模感でできると思います。
③「AIにエクセルデータを投げて照合」する場合の、投げてから所望のアウトプットを得るまでを実験してみて、難易度などを把握。

②と③（場合によっては、＋ローカルサーバーを丸々更新した時のコスト等）を比較すれば、自ずと最適が得られると思います。

小生の個人的な感想なので、捨て置いて結構です。